声波吹灰器的控制比较简单，只需要控制进气电磁阀的开闭即可。一般需要设定每台清灰器的启动时间和间隔时间，以及多台声波吹灰器的吹灰顺序。因为如3.3所述，脱硝的吹灰是过程清灰，建议间隔时间要短，频次要多。而运行时间要短，10S足以。建议初始值设定为20-30min一次，一次10s，现场可以根据运行情况，调整间隔时间。
有些厂家建议两台同时启动，甚至多台同时启动。从理论上讲，多台同时启动应该是有更好的吹灰效果。但是从工程实践来看，往往大部分用户现场气源不足，多台同时启动，各吹灰器之间往往会出现争气源现象，反而效果不好。所以多台之间的运行方式，还是要因地制宜，在气源不特别充足的情况下，还是建议单台顺次运行为好。
声波吹灰器的控制系统有三种，一种是就地设电控箱，第二种是直接主系统的DCS控制，第三种是就地控制箱留DCS接口，就地和远程同时控制。建议采用第二种，优化过的电磁阀预留手动旋钮，调试过程不需要接电即可实现就地调试，这样设计系统更简单实用，维护量更小。
